聖学院小学校は創立以来、PTA（保護者と教師の会）の活動を行ってきました。
本校の児童の保護者と教職員が会員となり、会長（1名）、副会長（2名）、書記（1名）、会計（1名）会計監査（2名）、そして総務部、宗教部、事業部の3部から構成されています。
また各部ともクラスに2名の委員を持ち、それぞれ活動を行っています。
総務部
ベルマークの収集活動や広報誌「聖小PTAひろば」の企画から構成、発行までを担当します。学校全体の多岐にわたるPTA活動をサポートします。
特にベルマーク収集活動は歴史が古く、現在もボランティアの方々の協力を得て進められています。
宗教部
月ごとに行われる聖書研究会、PTAクリスマス礼拝、クリスマス期の校内飾りつけ、コールシャロン（保護者による聖歌隊）・Gクレフ（保護者によるハンドベル同好会)の活動のサポートを行っています。
ミッションスクールのPTAとして、保護者も共にみことばに耳を傾け、讃美をし、祈る時が持てるように活動を行っています。
事業部
毎年9月に行われる「聖学院フェア」に向けて、聖学院幼稚園の保護者会の方々と共に企画運営を行います。
全家庭の協力のもと、子どもたちにとっても保護者にとっても楽しい聖学院フェアの1日になるように支える活動を行っています。
卒業対策委員会（6年生保護者）
6年生の保護者で構成され、主に卒業感謝会の企画運営を行います。卒業する子どもたちや保護者、教職員にとって思い出に残る会になるように毎年さまざまな工夫が行われています。
PTA四役
会長、副会長、書記、会計から組織されており、学校と保護者をつなぐパイプ役として活動しています。
主に、毎月行われる実行委員会、PTA総会の運営・進行、収穫感謝のカレーパーティーや6年生送別ドッジボール大会のとん汁づくり、PTAクリスマスプレゼントの企画・運営を担当します。
また対外活動として「私学振興大会」への参加、関係学校などとの親睦や企画・運営を行っています。
聖歌隊「コールシャロン」
PTA宗教部に所属する保護者の聖歌隊です。音楽会やPTA聖書研究会、PTAクリスマス礼拝で讃美奉献を行います。
歌うことが好きな方々、讃美歌を歌いたい方々が集まり、歌を通して神を讃美します。
練習日：毎週月曜日 11：00-12：30
ハンドベル同好会「Gクレフ」
子どもたちが授業で使っているハンドベルを保護者も演奏してみたい、という声から誕生した同好会です。
主にPTA聖書研究会、PTAクリスマス礼拝、ハンドベル発表会などで奉鐘します。
練習日：毎週月曜日 13：30-15：00